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中西医结合基础学科是由解剖学、组织胚胎学、生理学、病理学、分子生物学等多学科组成的学科群。2002年被国家教育部确定为中西医结合基础重点二级学科，2009年获批国家中医药管理局重点二级学科，2017年进入国家“双一流”建设行列，2023年获批国家中医药管理局高水平中医药重点学科。现任学科带头人为丁霞教授。

本学科是是首批“211工程”重点建设学科，先后被确定为“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地”、“国家生命科学与技术人才培养基地”、“长江学者和创新团队发展计划”单位、“中西医结合学科创新引智基地”。学科先后承担国家科技部“973”计划、“十一五”支撑计划、国家自然科学基金、国家教育部、国家中医药管理局及北京市自然基金等科研项目多项，获国家科技进步二等奖、省部级科研、教学成果奖多项。

学科现有国家高层次人才特殊支持计划领军人才——“万人计划”领军人才1名，岐黄学者1名，新世纪优秀人才支持计划1名，中青年科技创新领军人才1名，北京市科技新星2名，北京市优秀人才1名，教育部“111计划”中西医结合学科创新引智基地负责人1名，北京高校青年英才计划1名，牛牛扑克-百人牛牛-通比牛牛 青年科学家科研新锐人才1名，形成了以著名专家为核心、高层次中青年学者为主体、结构合理的学术梯队及层次齐全的中西医结合基础人才培养体系，在国内同类学科中处于领先地位。

中西医结合基础学科以服务国家重大需求为导向，研究方向与国家健康战略相一致，聚焦临床重大疾病的难治环节，采取有组织的科研，集中学科优势资源协同攻关，着力破解重大疾病难治环节的机制，明确中医药治疗重大疾病的科学内涵，努力在重大科学问题探索上取得突破。